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南科大借鉴世界一流理工科大学的学科设置和办学模式,以理、工、医为主,兼具商科及特色人文社会学科,在本科、硕士、博士层次办学,在一系列新的学科方向上开展研究,使学校成为引领社会发展的思想库和新知识、新技术的源泉。学校系科和学科专业设置紧跟学科发展前沿,面向国家战略性新兴产业发展,重点发展与新能源、新材料、新一代信息技术、节能环保、生物技术与生物医药等相关的新兴学科专业和交叉学科。

学校设置数学系物理系化学系生物系电子与电气工程系材料科学与工程系金融系环境科学与工程学院海洋科学与工程系力学与航空航天工程系机械与能源工程系计算机科学与工程系生物医学工程系地球与空间科学系等14个院系,开设金融数学、物理学、化学、生物科学、生物医学工程、微电子科学与工程、材料科学与工程、金融学等26个本科专业。

2018年,南科大入选博士学位授权单位及硕士学位授权单位,获批数学、物理学、化学、生物学、力学、电子科学与技术等6个硕士学位授权一级学科及工程硕士专业学位授权点,获批数学、物理学、生物学、力学4个博士学位授权点。