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南科大借鉴世界一流理工科大学的学科设置和办学模式,以理、工、医为主,兼具商科及特色人文社会学科,在本科、硕士、博士层次办学,在一系列新的学科方向上开展研究,使学校成为引领社会发展的思想库和新知识、新技术的源泉。学校系科和学科专业设置紧跟学科发展前沿,面向国家战略性新兴产业发展,重点发展与新能源、新材料、新一代信息技术、节能环保、生物技术与生物医药等相关的新兴学科专业和交叉学科。
学校设置数学系、物理系、化学系、生物系、电子与电气工程系、材料科学与工程系、金融系、环境科学与工程学院、海洋科学与工程系、力学与航空航天工程系、机械与能源工程系、计算机科学与工程系、生物医学工程系、地球与空间科学系等14个院系,开设金融数学、物理学、化学、生物科学、生物医学工程、微电子科学与工程、材料科学与工程、金融学等26个本科专业。
2018年,南科大入选博士学位授权单位及硕士学位授权单位,获批数学、物理学、化学、生物学、力学、电子科学与技术等6个硕士学位授权一级学科及工程硕士专业学位授权点,获批数学、物理学、生物学、力学4个博士学位授权点。