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2011级南科大军训安排在原黄埔军校旧址进行。
2012-2015级新生军训安排在校内进行。
2016年,南科大第二次安排新生在校外进行军训。军训地点位于深圳市龙岗区“军歌嘹亮”素质拓展基地。由于当时男生宿舍居住条件为“五十人间”,使16、17级男生记忆犹新。
2018级新生军训安排在深圳市外进行。